Theo đánh giá của Bộ Quốc phòng, qua công tác nắm tình hình và kiểm soát đã phát hiện một số vi phạm như vận chuyển than không có hóa đơn, chứng từ hoặc quay vòng hóa đơn để vận chuyển than thu gom từ các bãi than khai thác bất hợp pháp (than thổ phỉ) về tập kết tại kho bãi để sàng tuyển, sơ chế, hợp thức hóa nguồn gốc, quay vòng hóa đơn vận chuyển đi tiêu thụ trong nước. Địa bàn chủ yếu là ở các vùng biển nội thủy phía Bắc như Quảng Ninh, Hải Phòng, Thanh Hóa...
Bên cạnh đó, hoạt động khai thác, vận chuyển, kinh doanh cát sỏi trái phép diễn ra phức tạp tại các khu vực có mỏ cát, cửa sông, cửa lạch thuộc các địa phương ven biển như Hải phòng, Nam định, Thái Bình, Tiền Giang, bến Tre, TP Hồ Chí Minh, Bà Rịa- Vũng tầu...
Thủ đoạn là các đối tượng lợi dụng đêm tối hoặc sơ hở trong công tác tuần tra, kiểm soát của lực lượng chức năng; sử dụng phương tiện chuyên dụng khai thác sau ssos vận chuyển vào nội địa tiêu thụ. các chủ mỏ được phép khai thác liên kết với nhau nhằm hợp thức hóa sai phạm khi khai thác vượt ra ngoài phạm vi mỏ được cấp phép...
Trong năm 2021, lực lượng chức năng thuộc Bộ Quốc phòng như: Bộ đội Biên phòng, Cảnh sát biển... đã độc lập và phối hợp phát hiện, kiểm tra, tạm giữ, xử lý 186 vụ, với 324 đối tượng, 177 phương tiện vi phạm. Kết quả khởi tố 1 vụ, với 2 đối tượng ở Quảng Ninh; xử phạt vi phạm hành chính 128 vụ, với 204 đối tượng, 106 đối tượng, thu nộp ngân sách trên 8 tỷ đồng.
Một trong những nguyên nhân khiến số vụ xử lý hình sự thấp được chỉ ra: Theo quy định tại Điều 227 Bộ luật Hình sự năm 2015 (đã được sửa đổi bổ sung năm 2017) quy định tội vi phạm khai thác tài nguyên không có giấy phép hoặc không đúng với nội dung giấy phép khi xác định thu lợi bất chính với hành vi trên từ 100 triệu đồng trở lên hoặc giá trị tang vật trên 500 triệu đồng. Trong khi đó, hầu hết các vụ khai thác trái phép khoáng sản như cá, sỏi bị phát hiện, bắt giữ hầu hết không đủ định lượng, tang vật không quá 500 triệu đồng và thu lợi bất chính không quá 100 triệu đồng trong 1 lần vi phạm do đó không đủ cơ sở khởi tố hình sự.
Bên cạnh đó, theo Bộ Quốc phòng đa số các vụ vi phạm về khai thác trái phép khoáng sản đều do các DN được cấp phép nhưng hành vi chủ yếu là khai thác vượt phạm vi, quá khối lượng, quá độ sâu được cấp phép nhưng chưa có quy định hướng dẫn của cơ quan có thẩm quyền về cách xác định "diện tích đã khai thác vượt ra ngoài ranh giới được khai thác 9theo bề mặt" quy định tại Điều 37 của Nghị định 36/2020/NĐ-CP ngày 24/3/2020 của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực tài nguyên nước và khoáng sản dẫn đến cách hiểu khác nhau gây vướng mắc, bất cập trong xử lý vi phạm.
Nhiều đối tượng, phương tiện khai thác cát trái phép, khi bị bắt giữ đã hợp thức hóa hồ sơ bằng cách ký kết hợp đồng khai thác, vận chuyển cát với đơn vị được cấp phép khai thác cát. vì vậy không thể xử lý về hành vi khai thác khoáng sản trái phép; từ đó dẫn đến không thể xử lý hình sự đối với dối tượng về hành vi vi phạm "quy định về khai thac staif nguyên mà không có giấy phép hoặc không đúng với nội dung ghi trong giấy phép trong trường hợp thu lời bất chính từ 100 triệu đồng hoặc khaongs sản trị giá dưới 500 triệu đồng, đã bị xử phạt vi phạm hành chính về hành vi này mà còn vi phạm" theo quy định tại Điều 227 Bộ luật Hình sự năm 2015 nên không đủ sức răn đe đối với các đối tượng và hạn chế vi phạm.
Bên cạnh đó, Bộ Quốc phòng chỉ ra vướng mắc như: Việc tịch thu phương tiện khai thác khoáng sản trái phép khó thực hiện vì tang vật giá trị không lớn, trong khi trị giá phương tiện lên tới vài tỷ đồng và hầu hết giấy chứng nhận quyền sở hữu phương tiện này các DN đều thế chấp tại ngân hàng nên rất phức tạp.
Thời gian tới, Bộ Quốc phòng tiếp tục chỉ đạo Bộ đội Biên phòng, Cảnh sát biển chủ động nắm tình hình, tuần tra, kiểm soát, ngăn chặn kịp thời các hành vi thăm dò, khai thác, vận chuyển trái phép. phân công xác định rõ trách nhiệm của chỉ huy các cấp, người đứng đầu trong đấu tranh ngăn chặn và xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm, tiếp tay bảo kê cho các đối tượng buôn lậu, vận chuyển trái phép than, khoáng sản qua biên giới, vùng biển.